O SESC em Sergipe foi instalado como Delegacia Estadual no dia 15 de janeiro de 1948, no salão nobre da Biblioteca Pública, em sessão solene com a presença das classes produtoras e do mundo oficial. Na ocasião, a Administração Nacional deliberou que o funcionamento das duas instituições em Sergipe - SESC e SENAC - fosse sob o regime de administração regional conjunta, sendo, entretanto, a supervisão efetuada por meio de dois Conselhos Regionais distintos, sob a presidência única do Presidente da Federação do Comércio de Sergipe.

A Federação do Comércio do Estado de Sergipe foi criada no dia 22 de abril de 1948, data em que o SESC passou de Delegacia para a categoria de Departamento Regional, sendo seu primeiro presidente José Ramos de Moraes.

A primeira área de atuação do SESC em Sergipe foi à saúde (assistência à infância, à maternidade, à tuberculose, odontologia e clínica geral), prestando também assistência jurídica, laboratorial e farmacêutica, além de oferecer serviços de enfermagem.

Suas instalações funcionavam inicialmente em Aracaju, no centro da cidade, à rua João Pessoa, 48, 1º andar, mudando-se em fevereiro de 1960 para sua sede própria à rua Senador Rollemberg, 301, onde até hoje está instalado o Centro de Atividades Brasílio Machado Neto e o Ginásio de Esportes Charles Edgar Moritz.

Em agosto de 1970, ocorre a desvinculação administrativa com o SENAC. Em 31 de março de 1971, foi inaugurada a segunda unidade operacional do SESC em Sergipe, com o nome de Centro de Atividades Prof. Carlos Alberto Barros Sampaio, à rua Bahia, 1059, no bairro Siqueira Campos, após as tentativas fracassadas de implantação de Unidades Executivas nas cidades de Estância e Propriá, ainda na década de 60, motivadas por discordâncias com as Associações Comerciais locais, em que o SESC pretendia expandir suas ações, beneficiando a classe comerciária local.

Em 1972, foram criados o Restaurante do Comerciário e o Gabinete Odontológico, no Centro Sede e inaugurado o Conjunto Habitacional José Ramos de Moraes, com 72 unidades habitacionais. O segundo conjunto, denominado Jessé Pinto Freire, foi inaugurado em 1º de maio de 1974. No ano seguinte, em setembro, foi inaugurada a mais nova unidade operacional do SESC em Sergipe - o Balneário Dr. Manoel Francisco Lopes Meirelles.

Atualmente, além das Unidades Operacionais já citadas, o SESC em Sergipe conta com uma Unidade no município de Socorro, cujo foco de ação está direcionado às áreas de educação e saúde, uma Unidade no centro comercial de Aracaju, denominada Comércio, com ênfase à área de Nutrição, uma Unidade Móvel denominada OdontoSESC, composta por 4 (quatro) equipos para prestação de Assistência Odontológica à clientela de cidades do interior do estado e comunidades periféricas da capital e a Unidade SESC LER Waldemar Silva Carvalho, no Município de Indiaroba.